En 2016, l'actualisation de la cartographie des habitats naturels des sites Natura 2000 « (Zone Spéciale de Conservation) Complexe lagunaire de Bages-Sigean – FR 9101440 » et « (Zone de Protection Spéciale) Étang du Narbonnais – FR 9112007 » a identifié 6 grands types d'habitats naturels, sans lesquels ont trouvrent 7 habitats d'intérêts communautaires.
Prés salés méditerranéens (Juncetalia maritimi)
Parcours substeppiques de graminées et annuelles du Thero-Brachypodietea
Lagunes méditerranéennes
Laisses de mer des côtes méditerranéennes
Fourrés halophiles méditerranéens
Ourlets méditerranéens mésothermes à Brachypode rameux de Provence et des Alpes-Maritimes
Galeries riveraines à Tamaris
Flore
Parmi les 20 espèces de plantes vasculaires, 10 sont présentes sur les habitats littoraux et halophiles (prés salés, fourrés halophiles, laisses de mer). Ces habitats recouvrent 107 hectares du site et ont un rôle majeur dans la conservation de la flore.
L'Orobranche penchée présent dans ces habitats est une espèce à très fort enjeu, c'est une espèce très rare, récemment apparue sur le site. Cette plante est endémique du bassin méditerranéen.
Au sein des lagunes du site, 2 espèces inféodés aux lagunes sont présentes : Zostera noltii et Zostera marina. Ces deux espèces ont un enjeu fort sur le site.
Dans l'habitat des landes, fruticées et des prairies (Fourrés caducifoliés, fourrés halophiles, matorral à Pin, garrigues...), 8 espèces patrimoniales sont présentes dont deux ont un enjeu très fort de conservation pour le site : Orobanche de la santoline et l'Euphorbe à tête jaune d'or.
Faune
L'étang du Doul et la saline sont situées en plein couloir de migration et offrent des zones de refuges et de reproduction importantes pour l'avifaune. Entre 2012 et 2018, 98 espèces d'oiseaux ont été recensées sur les sites de la Saline, du Doul et de l'île de Planasse, dont 28 espèces nicheuses (comme l'Alouette lulu, le chardonneret élégant et le gravelot à collier interrompu...).
Ont été recensés des amphibiens (crapaud calamite, crapaud épineux, rainette méridionale), et des reptiles (lézard occelé, Psammodrome algire). Parmi les 39 papillons diurnes contactés, on trouve la Proserpine qui utilise l'Aristoloche pistoloche comme hôte.