La position de l’archipel du Frioul, à quelques encablures du Vieux-Port de Marseille, lui a de tout temps conféré un rôle militaire stratégique, soit pour défendre soit pour attaquer la cité phocéenne. A partir du XVIIème siècle, l’isolement insulaire et la multitude de calanques protégées et accessibles conduisent Marseille à utiliser ce site pour la mise en quarantaine des navires venant d’Afrique et d’Orient. En 1627, l’anse de Pomègues devient port de quarantaine et l’île est interdite d’accès. En 1821, l’épidémie de fièvre jaune impose l’aménagement de nouveaux dispositifs sanitaires. Une digue reliant les îles de Pomègues de de Ratonneau est alors construite, permettant la réalisation d’un vaste port de quarantaine. En complément un lazaret, l’hôpital Caroline, est édifié.
De 1859 à 1862, le programme de réarmement des frontières conduit à construire sur les îles du Frioul de nombreuses batteries.
Jusqu’à l’occupation allemande de 1942, les forts sont occupés par des régiments affectés à la défense et à la surveillance de la rade.
En 1970, la ville de Marseille rachète au Ministère de la Défense une grande partie du Frioul et engage un programme de construction visant à créer sur ces îles un nouveau quartier de Marseille. L’urbanisation commence à partir de 1974. Le quartier compte actuellement un peu moins de 150 d’habitants à l’année. Le Frioul abrite également un centre de vacances de la Fédération Léo-Lagrange, une caserne de marins-pompiers, l'une des stations du service du pilotage de Marseille-Fos, et une ferme aquacole bio, installée dans l'ancien port de quarantaine de Pomègues.
En 2013, la Défense a affecté au Conservatoire du littoral une parcelle supportant un bâtiment dénommé « Villa Marine ». Cet édifice est construit en surplomb de la mer sur une côte rocheuse de l’île de Ratonneau et sur la voie d’accès à la plage et à l’Hôpital Caroline. Le bâtiment a connu plusieurs usages : logement militaire puis maison d’agrément utilisée pour les vacances des hauts fonctionnaires de la Marine et enfin base logistique pour les marins pompiers de l’île, la maison est actuellement inoccupée et doit faire l’objet d’un programme de restauration afin d’en faire un lieu d’accueil du public.
Puis en 2014, la ville de Marseille a cédé au Conservatoire du littoral 137 hectares d’espaces naturels.
L’archipel accueille de nombreux visiteurs à la journée ou à la demi-journée : visites touristiques, randonnées pédestres, sorties pédagogiques, plaisance, plongée.
Le patrimoine bâti historique participe à l’attractivité du site. C’est le cas pour l’Hôpital Caroline, monument historique inscrit du 19ème siècle qui compte 12 corps de bâtiments répartis suivant une symétrie autour d'une chapelle centrale et qui fait l’objet d’une restauration depuis 2007. Cette opération pilotée par la Ville de Marseille s’inscrit comme action d'insertion et de formation aux métiers du patrimoine. Depuis fin 2007, se sont plus de 1000 salariés qui ont été embauchés et formés sur ce site. De nombreux visiteurs s’arrêtent sur les lieux pour découvrir cet espace bâti, témoin d’une histoire assez récente et singulière de la ville-port de Marseille.
