Faune
La lagune du Grand Barachois joue un rôle essentiel pour la biodiversité du site. Ses bancs de sable accueillent une colonie de Phoques veaux-marins de plusieurs centaines d’individus tandis qu’à l’entrée de la lagune, la plage constitue un reposoir confortable pour un groupe de Phoque gris, fidèle d’une année à l’autre. Les 1000 hectares du Grand Barachois sont fréquentés par nombre de canards durant la période hivernale. Le reste de l’année, ce sont les limicoles côtiers migrateurs qui se succèdent sur vasières découvertes.
Toute cette faune sauvage trouve dans cet espace la tranquillité dont elle a besoin puisque la lagune du Grand Barachois est une Réserve de Chasse et de Faune Sauvage. Les ruisseaux sont fréquentés par l’Omble de fontaine et l’Anguille d’Amérique. Le Pygargue à tête blanche est aussi un habitant régulier de l’Isthme.
Flore
La flore du site est riche et variée tout comme les différents types de milieux naturels. La végétation dunaire s’épanouie sur le cordon des Buttereaux, on trouve des Fraisiers de Virginie sur la dune grise et de l’Oyat sur la dune blanche, de la Salicorne dans les vasières et des plantes de bord de mer en haut de plage… ailleurs c’est une végétation de plaine marécageuse parsemée d’Iris versicolor au printemps, puis une tourbière abritant des Sarracénies pourpres, des sphaignes et des carex. Le vent puissant et chargé d’embruns limite la croissance des végétaux : on ne trouve pas d’arbre sur la dune, à part quelques aulnes rabougris ou des rosiers sauvages au ras du sol. Plus loin, sur Miquelon, des bosquets de Sapins baumiers et d’Epinettes noires ou blanches constituent les bosquets de l’unique forêt boréale du territoire français.