Cette mangrove est la plus grande de Mayotte, s’étalant ainsi sur près de 200 ha. La mangrove de la baie de Chirongui/Bouéni est une mangrove d’estuaire ou de fond de baie installée dans une anse où débouchent plusieurs cours d’eau. On y retrouve les sept espèces de palétuviers présents à Mayotte. Le Rhizophora mucronata (palétuvier rouge) est l’espèce la plus représentative de cette mangrove.
L’arrière mangrove est l’une des plus remarquables de l’île. Les érythrines, les barringtonia, les heritiera sont autant d’espèces végétales structurant cette forêt d’arrière mangrove. Ce milieu est en forte régression à Mayotte principalement à cause des défrichements, des remblais… y compris sur cette mangrove. D’ailleurs, l’arrière mangrove est cantonnée sur le site à une fine bande entre les champs de bananiers, les villages et la mangrove elle-même.
Cette mangrove accueille 28 espèces d’oiseaux dont la Grande aigrette, le Foudi de Mayotte, le Martin pêcheur Vintsi entre autre. Parmi ces espèces, le Héron crabier blanc, classé en danger critique d’extinction sur la liste rouge des oiseaux de Mayotte, niche dans cette mangrove avec les Hérons garde bœufs.
