En dépit de la pollution résiduelle du sol liée au passé industriel du site, les salines de Fort-Mardyck sont aujourd’hui un espace naturel à haute valeur écologique composé de pelouses dunaires, prairies sèches, marais avec roselières et boisements. Cet intérêt écologique a été confirmé par l’inscription du site à l'inventaire des Zones Naturelles d'Intérêt Ecologique, Faunistique et Floristique (ZNIEFF) de type I.
Avec ses 260 plantes répertoriées, le site des salines accueille environ 20% de la flore régionale. Des inventaires naturalistes ont aussi reconnu son intérêt faunistique (fauvette paludicole, crapaud calamite…). En trente ans, cette zone a retrouvé une richesse biologique étonnante, tant du point de vue végétal qu’ornithologique.
Au plan scientifique, c’est l’un des rares sites sur lesquels il est possible de suivre les différentes étapes de recolonisation biologique d’une ancienne friche sur sable.
