La faune
L’avifaune est très riche avec 296 espèces inventoriées sur le site, auxquelles s’ajoutent 16 espèces recensées sur la partie maritime. Parmi celles-ci, 200 espèces d’oiseaux sont régulières et 64 sont nicheurs certains. Les grandes lagunes jouent un rôle important pour les limicoles en particulier lors des migrations prénuptiales et l’hivernage ainsi que pour l’hivernage des anatidés.
Des îlots et des vestiges de digues permettent la reproduction de populations importantes de laro-limicoles (sternes, avocettes, goélands, gravelots, chevaliers…) et d’anatidés comme le Tadorne de Belon. L’îlot du Fangassier est connu pour accueillir une colonies de flamants roses ayant réuni jusqu’à 15 000 couples, cependant la reproduction est devenue aléatoire au cours des dix dernières années.
Les grandes étendues de sansouires abritent une population importante de fauvettes à lunettes et de pipits rousselines.
Les marais du Vieux Rhône accueillent de petites populations nicheuses d’oiseaux paludicoles, incluant notamment le Blongios nain, la Talève sultane et la Lusciniole à moustaches.
Parmi les 43 espèces de mammifères inventoriées en Camargue, 31 ont été signalées sur le site. 5 espèces d’amphibiens et 11 de reptiles sont présentes. Les marais et canaux du Vieux Rhône abritent une importante population de Cistude d’Europe.
Les inventaires récents ont permis de recenser 54 espèces de poissons sur le site. Les lagunes reconnectées à la mer constituent une voie de déplacement entre le milieu marin et l’hydrosystème Vaccarès pour plusieurs espèces migratrices incluant l’Anguille européenne.
Les invertébrés sont encore peu étudiés, cependant des inventaires sont en cours pour plusieurs groupes taxonomiques. Ainsi plus de 700 espèces de lépidoptères et 34 d’orthoptères ont été recensées. Parmi les espèces remarquables peuvent être mentionnés la Diane, un papillon protégé et répandu sur le site, ainsi que le Criquet des joncs, une espèce en voie de disparition à l’échelon régional et qui est assez répandu dans les jonchaies dunaires.
La flore
540 espèces de plantes sont recensées sur le site, dont 27 sont protégées. Les massifs dunaires constituent un des enjeux de conservation majeurs et abritent un important cortège d’espèces végétales patrimoniales, incluant notamment la Crucianelle maritime, la Cutandie maritime et le Corisperme de France. Les anciens salins constituent d’autre part en Camargue, le seul site représentatif pour les bas-marais dunaires et l’un des sites les plus importants pour les steppes salées à Saladelles.
Un cortège remarquable de végétaux macrophytiques - comprenant l’Althénie filiforme, la Ruppie maritime et Lamprothamnium papulosum - est présent dans quelques mares et lagunes temporaires saumâtres.