Les principaux habitats naturels sur les Sagnes d’Opoul sont les fourrés halophiles méditerranéens également appelés sansouires (habitat d’Intérêt Communautaire), les prés salés et la roselière. Cette dernière a une richesse floristique faible (habitat monospécifique à Phragmites sp.) mais abrite des enjeux forts de conservation en termes d’espèces animales et notamment d’oiseaux d’Intérêt Communautaire.
Les observations récentes en matière de richesse floristique comptabilisent 126 espèces dont 4 à enjeux observées sur le domaine du Conservatoire du littoral. Une majorité de ces espèces est liée aux secteurs à grands hélophytes influencés par l’eau douce (Apium graveolens, Carex hispida, Cladium mariscus) ou aux lagunes (Ruppia maritima, Zostera marna et noltei).
Pour ce qui concerne les oiseaux, certaines espèces s’y reproduisent d’autres viennent simplement s’y nourrir. La zone humide joue aussi un rôle très important en tant que zone de halte migratoire aussi bien au printemps qu’à l’automne. C’est aussi un secteur d’hivernage intéressant pour certaines populations. 95 espèces ont été contactées historiquement sur le site comme par exemple, la présence de Hérons pourprés, Aigrette garzettes, Grandes aigrettes, Luscinioles à moustaches, Butor étoilé, Busard des roseaux, Bruant ortolan. Ces espèces, toutes listées dans l’annexe I de la Directive oiseaux qui confèrent au site une reconnaissance au titre du réseau Natura 2000 : Zone de Protection Spéciale FR 911 2005 et Site d’Importance Communautaire FR 910 1463 « Complexe lagunaire de Salses-Leucate».