Habitats et flore
Les grands herbiers aquatiques de cymodocées constituent la principale richesse écologique de l’étang. Les cymodocées, posidonies, ruppias et zostères forment un milieu remarquablement nourricier.
En périphérie de l’étang se trouve une succession de milieux : prés salés, fourrés halophiles, dunes boisées de pins, forêts de chênes verts…
Faune
L’abondance de nourriture dans les eaux de l’étang favorise la présence d’une faune remarquablement abondante. L’une des particularités d’Urbinu est d’héberger d’importantes populations d’Aphanius de Corse, petit poisson protégé qui est, parmi d’autres espèces, au début de la chaîne alimentaire et permet à d’autres espèces de prospérer, notamment la dorade royale, le loup et le tassergal. Mugilés et sparidés abondent également : leurs alevins s’engouffrent dans l’étang par le grau, au printemps et y restent trois années, le temps d’atteindre la taille adulte et de regagner la mer.
La qualité nutritive des eaux de l’étang accélère considérablement la croissance de certaines espèces, telles l’huître plate. Urbinu est également un refuge pour la grande nacre, plus grand bivalve de Méditerranée devenu rare.
L’avifaune est également très abondante à Urbinu qui est le seul site de Corse où niche la lusciniole à moustaches. D’autres espèces menacées nichent sur le site, tel le blongios nain ou la sterne pierregarin. L’étang accueille de nombreux oiseaux de passage : grèbe huppé, grèbe castagneux, harle huppé, grande aigrette, mouette mélanocéphale, mouette rieuse, balbuzard pêcheur…