L’île serait issue d’un ancien banc de sable, détaché durant le Moyen-âge de la côte sud du Bassin. Dans l’axe de l’embouchure de la Leyre, va peu à peu se former une île qui sera définitivement coupée des dunes boisées d’Arcachon au XVIIème siècle.
Elle devient un lieu de pacage, de pêche et de chasse pour les habitants des paroisses du Bassin et fait partie des terres des captals de Buch. La tempête de 1882 qui décime les troupeaux met fin à l’activité de pacage.
L’île est intégrée au Domaine Public en 1827. L’ostréiculture s’y installe entre 1849 et 1857 et des premières cabanes à usage professionnel se construisent. Au XXème siècle, la motorisation des pinasses permettant le travail à la journée transforme progressivement l’usage des cabanes pour la chasse et les loisirs. Un arrêté préfectoral de 1967 autorise l’attribution de ces cabanes à des non professionnels. Peu à peu l’île devient un lieu dédié à la chasse, la pêche, la promenade et les loisirs.
En 1925, l’Etat a vendu les 44 hectares du domaine terrestre (partie exondée). Cette propriété privée (SCI de l’Île aux Oiseaux) comporte 11 cabanes et existe toujours.
En 2005, l’Etat remet en gestion au Conservatoire du littoral, pour 30 ans, 219 ha du Domaine Public Maritime de l’Ile aux Oiseaux. Sur les 139 ha émergés, sont implantées 40 cabanes (plus les deux célèbres « tchanquées », les pieds dans l’eau dès que la marée remonte), 41 lacs de tonne et 15 pantes (espace ouvert pour la chasse à l’alouette).
Les cabanes, devenues cabanes de loisir, font l’objet d’une Autorisation d’Occupation Temporaire (AOT), délivrée par le Conservatoire selon une procédure d’attribution. Cette attribution, pour 7 ans, évite les dérives de la transmission privilégiant la famille ou les proches, contraire au droit maritime et au droit en général concernant le Domaine Public. L’ « Aotiste » est seulement occupant, pas propriétaire !
En 2008, le site a été classé.