Le Bourdigou fait partie du site Natura 2000 « complexe lagunaire de Salses Leucate ».
Les habitats naturels du système dunaire constituent un enjeu majeur sur ce site et sont menacés par l’érosion du littoral d’une part et par la fréquentation non encadrée d’autre part.
Une étude menée par SOGREAH à montré que l’érosion du trait de côte de ce littoral était de - 0.7m/an en moyenne et jusqu’a -16m au sud du site entre 1980 et 2004. Le risque de submersion est également accentué par des brèches dans le cordon dunaire.
Sur les cinq habitats naturels liés au système dunaire, trois représentent un enjeu très fort sur le site : les dépressions humides intradunaires, les dunes grises méditerranéennes et les dunes fixées à Euphorbia terracina.
Le site est également connu pour ses plantes exotiques invasives qui recouvrent désormais une partie des milieux d’arrières dune : Yucca, Baccharis, Figuier de Barbarie, Griffe de sorcière… ;
La flore
On peut noter la présence de 4 espèces protégées à l’échelle nationale : Ail Petit Moly, Loeflingie d'Espagne, Ophrys guêpe et Euphorbe péplis.
La faune
Deux espèces d’oiseaux constituent un enjeu très fort sur le site : la Sterne naine (qui niche sur les plages et à l’embouchure du Bourdigou) et la Lusciniole à moustaches (qui niche dans les roselières).