Le site Rives de Seine Sud se situe sur la rive gauche de l’Estuaire de la Seine, en amont du Pont de Normandie, à cheval entre les deux départements et s’étend entre la ville de Honfleur dans le Calvados jusqu’à l’embouchure de la Risle dans l’Eure.
Avant le XIXe siècle, l’estuaire de la Seine était vaste et préservé, avec de grands marais saumâtres, des vasières, des roselières, et de nombreux bancs de sable changeants, le principal « le banc Saint-Sauveur » se situait sur les rives de Seine sud.
Ce milieu très dynamique, très mouvant, a rapidement été le lieu d’enjeux importants pour la navigation. Près de deux siècles de chenalisation et d’endiguement de l’estuaire de la Seine ont marqué cet espace. Les terrains en arrière des digues sont longtemps restés inondables et formaient de marais. Puis le démantèlement de la digue « haute sud », et le dépôt des produits de dragage du chenal de la Seine bouleversent le milieu : 1000 hectares de terrains remblayés sont ainsi mis hors d’eau. L’assèchement du secteur « les Alluvions » entrepris à partir de 1948 avec la construction du canal de retour d’eau et du canal nord-sud permettaient un drainage des alluvions et sables entreposées suite au dragage du chenal. Ce drainage est optimisé, jusqu’en 1960, par la réalisation de curages réguliers. Ensuite, il est abandonné et le Port Autonome de Rouen décide de tirer parti de ces terrains en louant la majorité d’entre eux aux agriculteurs locaux qui développent le pâturage.
Initialement, les ambitions, pour ces terrains gagnés sur la mer, sont industrielles et portuaires. Une structure multi-partenariale complexe associant de nombreux partenaires institutionnels et économiques est créée dans les années 1970, la ZIPEC (Zone Industrialo-Portuaire Eure-Calvados). Elle a pour finalité d’industrialiser l’ensemble des 1800 ha de la plaine alluviale en rive sud de l’estuaire. Cependant, malgré la construction du Pont de Normandie, achevé en 1995, reliant les deux rives de l’estuaire, le développement industriel restera limité aux marges d’Honfleur.
En 1999, un rééquilibrage en faveur de la protection des espaces écologiques de l’estuaire, notamment dans le cadre des mesures compensatoires et du contentieux européen sur la conservation des oiseaux et des habitats sur Port 2000, a fait basculer la destination d’une grande partie de ce secteur. La DTA (Directive Territoriale d’Aménagement) de l’estuaire de la Seine affiche ainsi la conservation et la reconquête des écosystèmes estuariens dégradés, comme la nouvelle finalité de cette partie est de la plaine alluviale.