Le Mont Canisy fait partie des sites d’intervention du Conservatoire du littoral. Les terrains acquis sont remis en gestion au Département du Calvados. Un garde du littoral est en charge de ce site. Il a en charge la surveillance, l'entretien, le suivi scientifique, ainsi que les relations avec les usagers locaux.
Le site Mont Canisy fait l’objet de mesures de préservation depuis 2003, date à laquelle a été rédigé le 1er plan de gestion. Ce document a été évalué et actualisé depuis.
Le plan de gestion est un outil technique programmant, décrivant les actions et opérations à mettre en œuvre pour protéger et conserver le patrimoine naturel. Des objectifs de gestion conciliant les usages et la préservation des milieux naturels sont définis en collaboration avec les gestionnaires et différents partenaires.
L’association des amis du Mont Canisy, par convention d’usage, assure la mise en valeur des ouvrages militaires et l’organisation d’animations.
Sur le site, deux enjeux majeurs sont à retenir :
- La conservation et la maîtrise des broussailles :
Le maintien des zones de fourrés est indispensable, car ils servent de refuge, à l’alimentation et la reproduction des animaux. Cependant, il faut contenir sa forte dynamique pour éviter l’envahissement progressif des pelouses et des formations herbacées.
- La protection de la pelouse calcicole :
La pelouse contient des espèces floristiques très remarquables. Cependant, il faudra éviter qu’elles soient concurrencées par le développement des fourrés, et aussi par une colonisation trop importante des graminées telles le Brachypode penné et le Brome érigé.
Ainsi, la mise en place d’une rotation d’ouverture de milieu, par fauche tardive avec exportation des résidus est nécessaire.