Le site du Canavérier joue un rôle important pour la conservation d’habitats naturels reconnus d’intérêt communautaire, tout particulièrement les prés salés, les steppes salées à saladelles, les gazons méditerranéens amphibies et les communautés à characées des eaux basiques. Ces dernières forment sur le fond des pièces d’eau des tapis particulièrement étendus, composés de 11 espèces de characées différentes, dont Chara baltica, qui développe ici des peuplements parmi les plus prospères de Camargue.
De premiers inventaires de flore réalisés en 2018 ont d’ores et déjà permis de recenser 24 espèces de plantes patrimoniales. Parmi celles-ci, trois bénéficient d’un statut de protection national :
- La Scorzonère à petites fleurs (Scorzonera parviflora), une plante herbacée à fleurs jaunes peu spectaculaires, dont il a été découvert une centaine de pieds au sein des prés salés à Jonc maritime (Juncus maritimus). En France, cette espèce n’est actuellement connue que de quelques rares localités des départements de l’Hérault, du Gard et des Bouches-du-Rhône,
- les Saladelle de Girard (Limonium girardianum) et Saladelle de Provence (Limonium cuspidatum), espèces typiques des dépressions sableuses et sansouires inondées en hiver et desséchées en été, qui comptent sur le site des dizaines de milliers d’individus.
Le domaine abrite également des centaines de milliers de spécimens de Riella cossoniana, une minuscule (1 à 3 cm de haut) hépatique aquatique (sorte de mousse) des eaux temporaires et légèrement saumâtres, dont seuls quatre sites de présence sont actuellement connus en France.
En ce qui concerne la faune, ce sont incontestablement les oiseaux qui font la richesse du domaine. Au printemps, les grandes roselières abritent toute la gamme des espèces paludicoles, parmi lesquelles le Butor étoilé (Botaurus stellaris) - avec 2 mâles chanteurs en 2018 -, le Héron pourpré (Ardea purpurea) - avec ponctuellement plus de 60 couples nicheurs -, la Lusciniole à moustaches (Acrocephalus melanopogon), la Panure à moustaches (Panurus biarmicus) et le bruant des roseaux (Emberiza schoeniclus), qui comptent des dizaines de couples.
Les îlots de nidification abritent plusieurs dizaines de couples de Sterne pierregarin (Sterna hirundo), de Mouette rieuse (Larus ridibundus), d’Echasse blanche (Himantopus himantopus) et de Canards de diverses espèces.
En hiver, le Canard souchet (Anas clypeata), la Nette rousse (Netta rufina) et la Sarcelle d’hiver (Anas crecca) se remisent par centaines ou milliers sur les pièces d’eau.
Les marais du domaine accueillent aussi de façon régulière plus d’un millier de Flamant rose (Phoenicopterus ruber) et les terres agricoles jusqu’à 1 500 individus de Grue cendrée (Grus grus).
