La faune
La quiétude du site, la complémentarité entre les espaces, la maîtrise du système hydraulique et les pratiques agricoles extensives sont propices au stationnement régulier d’oiseaux migrateurs qui fait de ce territoire, un site d’importance nationale et internationale.
Ici, à Beauguillot, vous pouvez venir les observer, sans les déranger, depuis les observatoires aménagés, ici et là, le long du chemin qui mène à la mer : Sarcelle d’hiver, Canard siffleur, Colvert, Pilet, Souchet, Bernache cravant, Tadorne de belon, Fuligule milouin, et aussi oiseaux limicoles nicheurs rares et irréguliers, tel que l’Huitrier pie, l’Avocette, l’Echasse blanche, ainsi que Petit gravelot, Gravelot à collier interrompu et Chevalier gambette.
La flore
Ce lieu possède une flore très diversifiée. En 1998, quatre nouvelles espèces remarquables ont été identifiées, il s'agit de l'Ophioglossum vulgatum (une fougère hygrophile calcicole qui s'est considérablement raréfiée dans la région), de l'Orchis moucheron qui revêt un intérêt biogéographique locale, de l'Epipactis des marais (orchidée hygrophile de bas-marais calcicole, et enfin de l'Orchis à fleurs lâches (orchidée à répartition méditerranéenne-atlantique qui s'est beaucoup raréfiée). A ces quatre espèces, on peut ajouter la Ruppia marine, la Petite centaurée à fleurs ténues, le Rumex des marais, le Mouron délicat, le Panicaut de mer, l'Orobanche pourprée, le Troscart des marais, l'Ail des vignes, la Cardamine hérissée, le Cornifle nageant, le Saxifrage à trois doigts, la Toque bleue et le Wolffie sans racines.