La flore
27 espèces sont présentes dont 5 sont protégées au niveau national (Aïl petit Moly, Iris d'Espagne, Nivéole d'été, Saladelle de Girard et Euphorbe péplis) et 5 au niveau régional (Plantain de Cornut, Crypsis piquant, Cumin couché, Renouée des sables et Romulées à petites fleurs). La majorité de ces plantes estinféodée aux milieux salés et dunaires de la moitié sud du site. Seuls les Crypsis et le rare Plantain de Cornut sont liés aux milieux temporairement humides des prés salés, les premiers nécessitant des zones très ouvertes inondables, le second ayant besoin d’un milieu pâturé de façon extensive.
De toutes ces espèces végétales, on retiendra en particulier que le site de la Grande Maïre présente un enjeu très fort de conservation pour Iris d'Espagne (Iris xiphium), dont les seules stations françaises s’y développent et un enjeu fortpour ce qui concerne les petites saladelles (Limonium girardianum, ferulaceum, auriculiursifolium et confusum).
La faune
Les reptiles
Le cortège des reptiles est assez classique sur la zone humide. Aucune espèce n’est véritablement abondante du fait du caractère inondable du secteur ; on y rencontre toutefois les Couleuvres de Montpellier, vipérine, à échelons, et les Lézards vert et lézards des murailles. Sur quelques habitations en ruine ou des cabanons, le Lézard hispanique.
Les amphibiens
Les zones fréquentées par les amphibiens sont uniquement celles où l’apport d’eau douce est régulier. Ainsi, seul les canaux, les zones humides autour du Canal du Midi et la roselière sont colonisés par ce groupe. On ne dénombre pas moins de 200 à 400 Crapauds calamites, 30 à 50 Pélodytes ponctués, plusieurs centaines de Grenouilles de Pérez /de Graf et plusieurs centaines de Rainettes méridionales. Le Triton palmé est également présent dans la zone humide mais en petit nombre.
Les oiseaux
Le secteur de la Grande Maïre se découpe en 5 grands habitats pour les oiseaux, dont l’imbrication et la succession sur une surface assez restreinte (un peu plus de 421 ha) génèrent des richesses importantes et ce, toute l’année.
Les prés et les pâtures, souvent inondés partiellement, sont utilisés comme zone d’alimentation ou de repos de Vanneaux huppés et Pluviers dorés. On rencontre également un hivernage important d’Alouette des champs qui attirent régulièrement le Busard Saint-Martin ou le Faucon émerillon.
En période de migration: Pipit rousseline ainsi que de nombreux limicoles : Barge à queue noire, Combattant varié, Chevalier sylvain, Courlis cendré, Chevalier culblanc, et de façon plus anecdotique, le très rare Pluvier guignard, font halte sur le site.
En période de nidification (mai à juillet): L’espèce remarquable la plus abondante est le Guêpier d’Europe qui forme chaque année une petite colonie assez lâche de 20 à 80 couples.
La roselière renforce la qualité et la diversité des peuplements d’oiseaux de ce secteur. Elle sert d’abri pour les espèces paludicoles migratrices comme la Gorgebleue à miroir, le Busard des roseaux et de dortoirs lors des migrations d’automne.
Parmi les éléments remarquables, on peut noter la nidification du Blongios nain, un petit héron rare en France et fort discret. Deux couples s’y reproduisaient régulièrement depuis 2000 ; en 2008, des suivis dans le cadre d’un programme de restauration de l’espèce ont montré que la roselière abritait en réalité 35 couples environ. Cette densité est exceptionnelle à l’échelle nationale et peut être même européenne.
Quelques couples de Hérons pourprés y nichent également, on observe régulièrement sur le site une dizaine d'adultes. A noter également que 2 couples de Butors étoilés nichent dans la roselière.
Récemment, la phragmitaie a été colonisée par la Talève sultane. Notons aussi la présence d’espèces plus communes en nidification comme la Rousserolle effarvatte, la Rousserolle turdoïde (4-5 chanteurs). En hiver la très discrète Lusciniole à moustaches, endémique des roselières méditerranéennes, reste la plus visible
Au coeur des sansouires et du milieu lagunaire, Aigrettes garzettes et Hérons cendrés viennent pêcher les gambusies dans les plans d’eau du site. La lagune peut aussi accueillir parfois jusqu’à 500 Flamants roses. Quelques Grèbes huppés et à cou noir sont aussi présents lorsque les conditions en mer ne leur permettent pas de pêcher au large.
En mai, il est fréquent d’observer la très rare Glaréole à collier. En effet, les habitats naturels offerts par le site correspondent parfaitement à son écologie (Sansouires ouverte en raison du pâturage bovin).
La plage de la Grande Maïre est un des rares sites languedociens où l’on peut observer très facilement les limicoles de passages : Barge rousse, Gravelot à collier interrompu, Bécasseau variable, Bécasseau minute, Bécasseau sanderling.
Lors de coups de vent marin, la plage sert de refuge pour les oiseaux qui évoluent en mer avec parfois plus de 300 Sternes Caugek, quelques Sternes naine et pierregarin, Goéland railleur et Mouette mélanocéphale en repos sur le site.
