La flore
Ballottées par les flots marins, les fines lanières des zostères forment des prairies marines dans lesquelles vivent et se reproduisent une multitude d’espèces animales. Plus de trente sortes de diatomées, algues microscopiques aux enveloppes siliceuses admirables, abondent dans les milieux doux et salés. Elles sont à la base de nombreuses chaînes alimentaires et servent d’excellents indicateurs biologiques. Pas moins de six types de salicornes peuplent, à différents niveaux, les vases des marais. Appréciées de longue date par les marins pour leurs vertus antiscorbutiques, elles se parent, l’automne venu, d’une belle teinte rouge. À mesure que le sol s’assèche, apparaissent dans les prés-salés les peuplements d’obiones argentées, les fleurs bleues des lavandes de mer et les épis allongés des spartines anglaises. Sur les eaux saumâtres, flottent les renoncules de Baudot dont les feuilles, selon qu’elles soient submergées ou flottantes, sont filiformes ou s’ouvrent en éventail. Le long des berges de la rivière de Noyalo, poussent les rameaux blancs argentés des odorantes et rarissimes armoises maritimes, appelées aussi absinthes de mer.
La faune
Les vases salées, bien que d’aspect désertique, recèlent une vie intense. Vers, crustacés et mollusques y abondent. Parmi eux, la coque, qui se déplace en sautant, est une très ancienne compagne de l’homme puisque nos ancêtres néandertaliens, après s’en être abondamment sustentés, en faisaient d’élégantes parures. Avec plus de 200 espèces d’oiseaux dont près du tiers n’est que de passage, les marais de Séné sont aussi un véritable carrefour migratoire. Venus des toundras du nord de l’Europe où ils se reproduisent, les chevaliers arlequin et aboyeur ne feront ici qu’un bref séjour avant de rejoindre l’Afrique. Certains d’entre eux s’arrêteront cependant pour hiverner en compagnie des chevaliers gambette. Les marais de Séné s’inscrivent dans le vaste écosystème du Golfe du Morbihan. Chaque habitat y joue un rôle particulier et complémentaire aux autres. Ainsi, les tadornes de Belon, qui nidifient pour la plupart sur les îles du Golfe, viennent s’alimenter dans les marais et vasières de la réserve. De part et d’autre de la route, s’étirent prés-salés et lagunes où de nombreuses espèces d’oiseaux se reproduisent. Avec plus de 200 couples, l’avocette élégante est l’un des plus importants oiseaux nicheurs du site. À même le sol, elle creuse son nid qu’elle garnit de végétaux et de coquillages. Une population de spatules blanches passe l'automne et l'hiver à Séné, tandis que d'autres groupes, en provenance de Mauritanie et du Sénégal, effectuent une brève halte pendant la migration de printemps. Après s’être reposées et restaurées, les spatules poursuivent leur long périple qui aboutit à leur reproduction sur les îles de la Frise aux Pays-Bas. Partout en régression en Europe, les anguilles semblent affectionner les eaux des marais de Séné où, contrairement à maints endroits, le parasite menaçant leur reproduction est absent.
