La faune
15 espèces patrimoniales ont été inventoriées parmi lesquelles les Lézards vert et ocellé, la Tortue d’Hermann, la Bondrée apivore (un rapace), la Perdrix rouge et le Faucon pèlerin.
Les petits mammifères (lapins, blaireaux, renards, écureuils, chauves-souris de type Oreillard etc.) sont aussi largement représentés sur le site.
Les mares temporaires, écosystèmes rares et précieux, attirent papillons, libellules et autres insectes.
Enfin, dans l’humus des fonds de vallon, se cache un coléoptère endémique du massif : Mayetia collensis.
La flore
Avant l’incendie de 2005, la Colle Noire constituait une forêt méditerranéenne, composée d’une large gamme d’essences arborées (Pins d'Alep, Pins maritimes, Chênes-lièges, Chênes verts), arbustives (Arbousiers, Pistachiers lentisques…) et herbacées.
Aujourd’hui, la diversité reste élevée (160 espèces dont une vingtaine d’orchidées) mais un maquis parsemé de Chênes-lièges couvre la majeure partie du site.
En partie littorale, les plantes halophiles (qui aiment le sel), comme le Cinéraire maritime ou la Crithme marine, sont davantage présentes.
Enfin, une endémique des anciens stériles miniers du Cap Garonne a été identifiée en 2009 : Armeria arenaria subsp pradetensis.