Le premier plan de gestion du site est réalisé en 1996 dans le cadre du programme LIFE «Sauvons les étangs Littoraux », il met en évidence la richesse naturelle et historique du site et propose un programme d’actions pour le conserver et le valoriser. Une première phase de travaux visant à la mise en sécurité du site et à l’accueil du public sera réalisée entre 2005 et 2008. Ce programme de travaux s’achève par la rénovation du bâtiment des anciennes écuries transformé en maison de site. Elle accueille désormais le public et les bureaux des gestionnaires.
Dès 2009, le Conservatoire des espaces naturels du Languedoc-Roussillon (CEN-LR), la commune de Villeneuve-lès-Maguelone, le Siel (Syndicat Mixte des étangs littoraux), et Sète Agglopôle Méditerranée se sont associés pour gérer ce site naturel, vitrine de la biodiversité et de l’exploitation passé des milieux lagunaires languedociens. La volonté des gestionnaires est de conserver le patrimoine naturel et historique remarquable du site et de le valoriser à travers un projet global de gestion durable et éco-responsable, vitrine de la gestion des zones humides et biodiversité.
Fin 2010, le Conservatoire du Littoral, a lancé l’actualisation du plan de gestion, en s’appuyant sur les compétences des structures gestionnaires, mais également sur les acteurs du territoire ; il est mis en œuvre depuis 2011. Ainsi, les éleveurs, agriculteurs, chasseurs, pêcheurs et les autres usagers du site participent à la conservation de cet espace naturel remarquable. Des conventions d’utilisation et de gestion des terrains, l’acquisition de nouvelles parcelles, des cahiers de charges de pâturage, la création d’un comité cynégétique et un règlement de site permettent de réglementer et d’encadrer l’ensemble de ces activités. Tous les acteurs sont associés au comité de gestion, instance de gouvernance du site, qui se réunit annuellement.
En 2018, La Métropole (Montpellier Méditerranée Métropole) intègre le cadre de gestion du site en se substituant au SIEL et à la commune de Villeneuve.
Les Salines de Villeneuve, zone humide littorale méditerranéenne reconnue d’importance internationale, lieu de loisir proche de deux grandes agglomérations, support d’activités économiques ou traditionnelles, espaces ouvert au public mais également aux gestionnaires d’espaces naturels, aux chasseurs, aux pêcheurs, animateurs, entreprises écoresponsable, administrations, groupes, associations, scolaires… sont vouées à devenir un site pilote, lieu de ressources démonstratif en termes de gestion des zones humides, de qualité de l’eau, de conservation de la biodiversité et d’accueil du public.