C’est la plus grande des propriétés du Conservatoire en Aquitaine : 1004 hectares répartis sur cinq communes (Labenne, Orx, Saint-André-de-Seignanx, Saint-Martin-de-Seignanx et Saubrigues).
Peu d’informations nous renseignent sur le paysage du Marais d’Orx avant le détournement de l’Adour en 1579. En revanche, ce qui est mieux connu, c’est qu’au 18° siècle, le Marais est constitué d’un vaste étang de 1200 ha de 6 à 8 mètres de profondeur et de zones humides inondables alentour de près de 5000 ha.
Les premiers travaux d’assèchement ont consisté à recreuser le lit du Boudigau afin de permettre l’écoulement de l’eau. D’étang, la zone humide devient marais, ce qui génère des tensions et des conflits au sein de la population locale.
En effet, la population locale, qui a su tirer parti de la spécificité du site (récolte des joncs et des sangsues), n'est pas favorable aux diverses tentatives d'assèchement qui sont entreprises à la fin du XVIème siècle. Celles-ci se soldent par des échecs, notamment en raison d’une contrainte technique non négligeable : le marais est une cuvette.
La loi de 1807 sous Napoléon 1er décide de l’assèchement des marais, mais il faut attendre 1849 et les travaux de l’ingénieur Lefebvre-Béziers pour arriver à ce résultat. Le marais, par le creusement de canaux et de fossés, est enfin asséché.
En 1858, Napoléon III, très investi dans le développement et la mise en valeur du département des Landes, achète le domaine et l’offre au Comte Walewski, fils naturel de Napoléon 1er. Avec l’ingénieur Henri Crouzet, le nouveau propriétaire continue les grands travaux d’assèchement et d’assainissement, en créant un canal de ceinture qui isole le marais des bassins versants. Par pompage mécanique, les eaux du marais sont évacuées grâce au Boudigau, exutoire vers l’océan à Capbreton. Un vestige de ces pompes mécaniques, frappées de l’aigle impérial, est encore visible au sud-est du site.
L’agriculture s’installe sur le domaine d’Orx. Une trentaine de fermes sont construites, sur un même modèle architectural. Certaines existent encore aujourd’hui et quatre ont été transformées en gîtes ruraux sur le site.
Peu à peu, l’agriculture devient intensive et au XXème siècle, la maïsiculture domine. Les nouveaux propriétaires installent des pompes à vapeur en 1918, puis des pompes électriques « Tosi » en 1923.
Le marais change à nouveau de propriétaire en 1972, puis en 1976.
Avec la crise pétrolière, les coûts de pompage et d’entretien du polder deviennent prohibitifs, la maïsiculture est abandonnée en 1984 et des crues successives inondent régulièrement le marais laissé en friche. En 1989, le Conservatoire achète le site avec l’aide financière du WWF-France.
Peu à peu, l’eau reprend possession des lieux et du paysage et en 1995, 774 hectares du site sont classés en Réserve Naturelle Nationale.
Autres éléments forts du paysage et vestiges de la seconde guerre mondiale, deux casemates émergent du Marais Central et du Marais Barrage. Elles servaient à la radiodétection des sous-marins et des navires croisant au large.