Au-delà des boisements de pins pignons plantés par la mission Racine, pas moins de 8 habitats naturels relèvent d’un intérêt patrimonial reconnus de la Directive européenne « habitats, faune, flore » : les prairies humides méditerranéennes à grandes herbes, les prés salés méditerranéens, les dunes mobiles du cordon littoral, les dunes fixées du littoral, les dunes avec forêts de pins. Les « *dunes à Genévriers de mer » sont quant à elles d’intérêt communautaire prioritaire et appellent à une attention particulière en matière de conservation de la biodiversité. Au total, le site abrite des habitats d’intérêt communautaire sur 424 ha, soit plus de 96% de sa superficie, ce qui représente un taux exceptionnel et justifie sa reconnaissance au titre de la politique Natura 2000.
La flore est extrêmement variée avec 157 espèces, dont 21 sont à considérer comme patrimoniales.
L’Orchis punaise (Anacamptis fragans) etLa Spiranthe d'été (Spiranthes aestivalis), petites orchidées estivales des zones humides protégées au plan national sont connues de longue date sur le Lido de l’Or lido au sein des prés salés ouverts, lettes arrière-dunaires et pelouses à Molinie.
La Canne de Ravenne (Erianthus ravennae), marqueur du paysage par ses hautes tiges dressées, et l’Orchis des marais (Anacamptis palustris) sont abondantes dans les dépressions humides de l'arrière-dune. Cette. Le Lys de mer (Pancratium maritimum) est très présent en populations dispersées avec plusieurs milliers de pieds répartis depuis les dunes vives jusqu'aux dunes fixées.
Les enjeux en terme de faune sauvage sont moins importants que ceux des habitats ou de la flore.
Pour ce qui concerne les oiseaux, Cochevis huppé, Mésange bleue, Pouillot véloce, Rossignol, Fauvette à tête noire, Pic vert nichent sur le site. En hiver, le Lido de l’Or accueille Rouge-gorge, Pipit farlouse, Bruant zizi, Merle noir, Grive musicienne. Les milieux boisés et les buissons, offrant des ressources alimentaires et des zones de dortoir, sont les milieux plus utilisés. Lors de migrations de printemps et d’automne, de fortes cohortes de passereaux migrateurs sont observées lors des haltes pour le repos.
Les reptiles sont également représentés avec la présence de la Couleuvre de Montpellier (Malpolon monspessulanus) dans les dunes fixées ouverte), la Couleuvre vipérine (Natrix maura) dans les zones humides, le Lézard vert (Lacerta bilineata) dans les zones de buissons assez denses et surtout le Psammodrome d'Edwards (Psammodromus edwarsianus), espèce typique des dunes. Ce dernier, reconnu d’intérêt patrimonial, est très abondant sur les dunes vives et fixées du Lido de l’Or.
Le site abrite également des amphibiens comme la Rainette méridionale (Hyla meriodionalis), très fréquente notamment dans les zones de hautes herbes, le Crapaud calamite (Bufo calamita), abondant dans toutes des dépressions humides, le Pélobate cultripède (Pelobates cultripes), crapaud discret recherchant spécialement les zones sableuses. C'est une espèce rare en France et le lido de l’Or est un site de grande importance pour l'espèce qui y développe une de ses plus belles populations languedociennes.
