La flore
Ce sont plus de 51 espèces végétales classées déterminantes ou remarquables dont 15 espèces protégées ou niveau régional ou national.
Le peuplement végétal comporte essentiellement des espèces adaptées aux conditions particulières rencontrées sur le site et notamment aux alternances de mises en eau et d'assèchement liées à la particularité du climat méditerranéen.
Les différentes espèces végétales se répartissent également en fonction du gradient de salinité que l’on trouve sur l’ensemble du site.
Parmi ces espèces, 47 espèces patrimoniales ont été recensées.
On peut notamment citer la jacynthe romaine, le limonistre ou encore le chardon bleu des sables.
Enfin certains plans d’eau et canaux sont le lieu de développement annuel de très rares herbiers aquatiques : althénies, characées, ruppias…
La faune
La Basse Plaine de l’Aude constitue tout au long de l’année un véritable lieu de prédilection pour des centaines d’oiseaux : Flamants roses, Butor étoilé, canards, limicoles, rapaces et autres sternes trouvent ici tour à tour un lieu d’hivernage, de reproduction ou de halte migratoire.
On trouve également des espèces très particulières comme les passereaux paludicoles en liaison avec les roselières ou bien des espèces comme la Pie-grièche à poitrine rose, le Rollier d’Europe, le Faucon crècerellette sur les zones de bocages agricole, qui en font des espèces attachées à ce territoire.
Autre faune remarquable : le papillon Diane, protégée, dont la magnifique chenille orange se développe sur les pieds d’aristoloches (plante hôte).
Enfin les différents étangs regorgent de faune aquacole très diversifié en liaison avec la salinité, et servent d’abri à de nombreuses espèces de poissons lagunaires lors de certaines phases de leur développement. On y trouve donc beaucoup d’espèces d’eau douces (carpe, tanche, brème, épinoche) et d’eau saumâtres à salées (muges, anguilles, juels).