La présence d’arbres âgés est favorable à de nombreuses espèces qui y trouvent le gîte et le couvert, notamment les oiseaux et les chauves-souris. L’accès à ces forêts est difficile du fait des pentes fortes, ce qui crée des secteurs tranquilles pour la nidification. Un des enjeux du site est la présence d’espèces d’oiseaux patrimoniales, tels les rapaces : aigle botté, milan royal et bondrée apivore.
Parmi les espèces de chauves-souris inventoriées sur le site de Port Dieu, certaines nécessitent une attention particulière en raison de la faiblesse des effectifs au niveau régional, national, voire européen (Barbastelle, Grand rhinolophe, Petit rhinolophe, Grand murin). Leur raréfaction s’explique souvent par la dégradation des habitats.
La permanence de la couverture forestière depuis de nombreuses décennies a permis le maintien de certaines plantes remarquables comme le lis martagon.