L’union incessante de la mer et de la terre crée un paysage en constante métamorphose et la présence de milieu très variés dégageant 6 unités paysagères:
- la pointe du Siège, située sur la commune d'Ouistreham, est une large flèche sableuse fossile de 1200m de long barrant en partie l’embouchure du fleuve. Elle s’étire d’ouest en est sur le fleuve et se situe entre l’Orne et son canal, obligeant ainsi le cours d’eau à réaliser une large boucle vers l’est avant de se jeter à la mer. La pointe du siège est recouverte à la fois de bois, de pelouse dunaire, de dune arbustive (avec une dominance d’argousiers) et d’une prairie humide gagnée sur le pré-salé par une digue en terre ;
- le Gros Banc est un ancien polder, situé sur la commune de Merville-Franceville, en arrière d’un cordon sableux. Une forte population d’oiseaux migrateurs y fait halte chaque année. Cette réserve ornithologique possède un système de vannes permettant de maintenir une certaine quantité d’eau de mer à l’intérieur de la zone;
- les dunes de Merville-Franceville se situent en arrière du Gros Banc, au-delà de la route des Pêcheurs. Elles représentent un des ensembles dunaires les plus conséquent de Normandie;
- les prairies du Costil, situées sur la commune de Merville-Franceville, sont pâturées. Elles font partie des rares espaces non saumâtres de l’estuaire, où les oiseaux vont pouvoir y trouver nourriture;
- les Terrains François se situent sur la commune de Sallenelles. Cet espace poldérisé après les années 60 (tout comme le Gros Banc) offre un paysage relativement varié de prairies humides, roselières, pelouses humides. Sa façade ouest donne sur des prés-salés et le fleuve Orne. Ce site est traversé par le Flet de Graye (même ruisseau traversant les prairies du Costil en amont), régulé par un système de vannes;
- et enfin, les Marais de Cagny résulte d’une digue construite au XVIIIème siècle pour permettre au navire de remonter le fleuve de l’Orne jusqu’à Caen. L’ancien méandre et son marais maritime ont été transformés en prairies humides pâturées. Adossé à une dune, la pointe de la Roque est un promontoir naturel permettant d’observer à 360° l’estuaire. Sa juxtaposition avec la Maison de la Nature et de l’Estuaire en fait un lieu relativement fréquenté.