La gestion du site est assurée depuis 1991 par le Département de la Gironde. C’est la porte d’entrée des Espaces Naturels Sensibles de la Gironde (ENS), dédiée à la politique environnementale du département.
Lors de l'acquisition par le Conservatoire du littoral, digues, écluses et bassins ont dû être restaurés. Au gré des successions et des ventes, le Domaine s'était dégradé. La digue, malmenée par la mer qui tente de récupérer le terrain qui lui a été enlevé il y a plus de deux siècles, nécessite d'être régulièrement consolidée. Le réseau hydraulique qui permet le renouvellement de l'eau de mer, est entretenu régulièrement. D’importants travaux ont été réalisés sur les écluses et les agents du département assurent la gestion hydraulique. Les écluses sont ouvertes afin de faire pénétrer l'eau de mer dans le domaine qui entraîne avec elle des alevins et des juvéniles sauvages de muge, bar, anguille, régal des oiseaux piscivores !
L’ancienne friche aquacole de Cabanot a été restaurée et rétablit ainsi une continuité écologique entre le bassin d’Arcachon (eau saumâtre) et le ruisseau Le Lanton (eau douce).
A Graveyron, la brèche présente dans la digue de la pointe avant l’acquisition, n’a pas été refermée. Reconnectée à la mer, cette partie du site évolue naturellement et le pré salé qui se reforme peu à peu est d’une grande richesse. C’est également un moyen de protéger l’arrière du site en créant un secteur qui freine les vagues.
Un agriculteur participe à l’entretien du site. Il occupe plusieurs terrains du Conservatoire sur le delta de la Leyre avec son troupeau de bazadaises et de blondes d’Aquitaine (bovins) et un cheptel de brebis basco-béarnaises et tarasconnaises. Il utilise les locaux agricoles de la ferme de Graveyron et vend auprès de la population locale une partie de sa production.
L’important patrimoine bâti du domaine a fait l’objet depuis plusieurs années, de restaurations et d’aménagements. Le château, classé à l’Inventaire supplémentaire des Monuments Historiques a été restauré extérieurement en 2017. Les travaux de restauration des décors intérieurs et l’aménagement du bâtiment vont bientôt commencer, pour à terme, y accueillir le public au rez-de-chaussée et des résidences d’artistes au 1er étage.
Les anciens bâtiments agricoles de Certes magnifiquement réhabilités, hébergent le Conservatoire National Botanique Sud-Atlantique, le centre de soin de la Ligue de Protection des Oiseaux et un centre de conservation et d’études archéologiques littorales de la DRAC. Le public est accueilli tous les jours de l’année à la Vacherie, autour d’une exposition permanente au rez-de-chaussée et d’expositions temporaires dans la grande salle du premier étage qui servait autrefois de grenier à foin.
De nombreuses animations sur le site sont proposées pour sensibiliser à la valeur et à la préservation de ce patrimoine naturel et culturel (visites guidées, rando accompagnées, animations botanique, artistiques…). Au fil des ans, le Domaine est devenu un véritable « campus » naturaliste, scientifique, culturel et artistique, ouvert aux habitants du territoire et aux visiteurs de passage.
