Faune
Les étangs de Villepey sont d’un grand intérêt ornithologique : 220 espèces d’oiseaux ont été recensées aux différentes périodes de l’année. Cette zone humide joue un rôle important notamment lors des passages de migration : limicoles et échassiers fréquentent les abords de la vasière, flamants roses et nombreuses espèces de canards et de grèbes profitent de la lagune.
On rencontre également sur l’ensemble du site sternes, passereaux, rapaces, etc…
Enfin, quelques espèces remarquables et menacées nichent sur le site comme le blongios nain, les rousserolles effarvatte et turdoïde, la lusciniole à moustache…
À cette richesse ornithologique s’ajoute une faune plus discrète mais toute aussi intéressante avec la rare tortue cistude, les chauve-souris, le pachyure étrusque, la taupe, et autres reptiles et batraciens…
La variété des milieux est également propice à une entomofaune remarquable avec des spécimens de coléoptères rares.
Enfin, les poissons fréquentant les étangs sont autant d’eau douce, provenant de l’Argens, que d’eau de mer.
Flore
La mosaïque de milieux qui caractérise le site implique une grande variété végétale.
Le milieu dunaire abrite de nombreuses plantes remarquables, pour beaucoup protégées : l’euphorbe peplis, l’échinophore épineuse, le panicaut bleu, le lys de mer, l’Euphorbe de Terracine, le silène de Nice, etc.
Les zones de transition entre eaux saumâtres et milieux terrestres sont riches en plantes halophiles caractéristiques des prés salés et de la sansouire : la salicorne, l’obione, l’inule faux crithme, la saladelle, l’aster maritime, les joncs piquant et maritime.
Les étangs sont également bordés par de nombreuses roselières où le roseau (phragmite) est prédominant. Cette végétation est très intéressante pour les oiseaux dits paludicoles.
On y trouve également la rarissime Canne de Pline, quasiment présente aujourd’hui uniquement à Fréjus.
On rencontre dans les parties boisées et les prairies sèches de nombreuses orchidées telles que les sérapias, céphalanthères, ophrys et orchis. On trouve également la très rare asperge maritime.
Les ripisylves sont également bien représentées, avec la présence remarquable du tamaris d’Afrique.